Игра выдержана в научно-фантастическом стиле. Игрок — солдат, принимающий участие в операции «Владыка» (Overlord).
В отчаянной попытке защитить Землю от инопланетного вторжения, земляне
начинают контратаку на родную планету вражеской кибернетической
цивилизации строггов (Strogg) —
Строггос. Во время высадки большинство солдат были схвачены или убиты.
Десантная капсула главного героя с самого начала полёта сошла с курса —
в результате он оказался в стороне от намеченной зоны высадки, на
небольшой окраинной базе строггов. Оставшись в одиночестве, десантник
пробился к ближайшему узлу связи. Установив контакт со штабом, он начал
выполнять задания командования: разрушил систему ПВО, уничтожил завод
по производству солдат, энергетический реактор и другие важные для
строггов объекты. В конце игры игрок получает приказ отключить систему
связи их лидера — Макрона (англ. Makron),
а затем убивает его на орбитальной платформе над планетой. В финальном
ролике показано, как спасательная капсула с десантником на борту
покидает взрывающуюся платформу и «жёстко» садится на планету.
Десантник выживает при посадке и выбирается из шлюпки. Дальнейшая
судьба героя не известна.
Во вступительном ролике продолжения игры (Quake 4) лейтенант,
инструктирующий солдат перед высадкой на Строггос, упоминает главного
героя игры, говоря, что тот вывел из строя орбитальное орудие (и дал
землянам провести вторую высадку на планету).
18 октября 2005 годаа вышла четвертая часть игры. Именно она, а не Quake III: Arena является продолжением Quake II.
| 
